我們可參考印順導師的《藥師經講記》來修學藥師法門。根據經文內容可歸納出四個修學方向：一、依藥師佛在菩薩因地時的十二大願；二、聞持憶念藥師佛名號；三、持藥師咒；四、修恭敬供養。
一、依藥師佛行菩薩道時的十二大願修行：主要是在日常生活中實踐菩薩之「與樂拔苦」的「慈悲喜捨」精神願行，利益眾生，自度度人。兹摘錄在《大正藏》中，玄奘法師所譯的《藥師如來本願功德經》十二大願如下：第一「根本願，願生皆成佛道」:願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明，熾然照曜無量無數無邊世界，以三十二大丈夫相、八十隨好，莊嚴其身；令一切有情，如我無異。（與樂：佛與眾生平等）
第二「自身莊嚴，開曉事業願」：願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴，過於日月；幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。（與樂：物質性）
第三「無盡資生」願：願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。（與樂：物質性）
第四「安立大道」願：願我來世得菩提時，若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行聲聞獨覺乘者，皆以大乘而安立之。（與樂：精神性）
第五「戒行清淨」願：願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。（拔苦：持戒修行，離苦得樂）
第六「諸根具足」願：願我來世得菩提時，若諸有情，其身下劣，諸根不具，醜陋、頑愚、盲、聾、瘖、瘂、攣、躄、背僂、白癩、癲狂、種種病苦；聞我名已， 一切皆得端正黠慧。諸根完具，無諸疾苦。（拔苦：有關色身）
第七「身心康樂」願：願我來世得菩提時，若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦，我之名號，一經其耳，病悉得除，身心安樂，家屬資具，悉皆豐足，乃至證得無上菩提。（拔苦：有關色身）
第八「轉女成男」願：願我來世得菩提時，若有女人，為女百惡之所逼惱，極生厭離，願捨女身；聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。（拔苦：有關色身）
第九「回邪歸正」願：願我來世得菩提時，令諸有情，出魔羂網，解脫一切外道纏縛；若墮種種惡見稠林，皆當引攝置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提。（拔苦：精神性）
第十「從縛得脫」願：願我來世得菩提時，若諸有情，王法所錄，縲縛鞭撻，繫閉牢獄，或當刑戮，及餘無量災難凌辱，悲愁煎迫，身心受苦；若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫一切憂苦。（拔苦：身心，精神性）
第十一「得妙飲食」願：願我來世得菩提時，若諸有情，飢渴所惱，為求食故造諸惡業；得聞我名，專念受持，我當先以上妙飲食，飽足其身；後以法味，畢竟安樂而建立之。（拔苦與樂：身心，物質性）
第十二「得妙衣具」願：願我來世得菩提時，若諸有情，貧無衣服，蚊虻寒熱，晝夜逼惱；若聞我名，專念受持，如其所好，即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴具，華鬘塗香，鼓樂眾伎，隨心所翫，皆令滿足。（拔苦與樂：身心，物質性）
二、聞持憶念藥師佛名號：念佛的根本原理是「常憶念佛的慈悲智慧德行，修學佛所經歷和開示的願行，圓滿成就如佛所教所證的真理。」簡言之，念佛法門即是大乘方便道的「念佛，學佛，成佛」過程。
藥師佛十二大願中，第五、六、七、八、十、十一、十二，七個大願裏有提及「聞持藥師佛名號而得度」的說法。當中道理，正如印順導師所開示，時時攝心於佛的德號上，其作用是藉著念佛的大智大悲功德，常切實反省懺悔以往的錯誤，從不斷修善離惡的過程中，自身心狀態和命運亦得以改善超越；這亦通佛教大、小二乘的 「聞、思、修、證」原理，從淨化身口意的修習，修福培德，除惡消障，最終達至徹底離苦得樂，入佛知見，證佛所證之境界。
三、持藥師咒：咒，梵語「陀羅尼 dhāraṇī」，中譯「總持」，其作用和意義是「攝 持一切善法功德，遮止一切罪惡災障」。行者修持佛菩薩的咒語，與念佛法門相同， 就是與佛菩薩的本願和德行相應，這即是與戒定慧或六波羅蜜等道品契合，因而達至德善增上，消災免難的效果。持咒須至誠恭敬，信心堅固，正念專注，穩定持久，與佛菩薩的大悲大智願行相應，便可體驗治病消災等各種不可思議功德。
四、修恭敬供養：在義淨法師譯的《藥師琉璃光七佛本願功德經》中，曼殊室利童子（菩薩）向釋迦佛報告供養藥師法門：「⋯⋯以諸香花、末香、燒香、塗香，作眾伎 樂供養形像。於此經典，若自書，若教人書，一心受持，聽聞其義。於彼法師應修供養，一切所有資身之具，悉皆施與，勿令乏少；如是便蒙諸佛護念，所求願滿，乃至菩提。⋯⋯世尊，若於此經受持讀誦，或復為他演說開示；若自書，若教人書；恭敬尊重，以種種華香、塗香、末香、燒香、華鬘、瓔珞、幡蓋、伎樂而為供養，以五色繒綵而裹祑之;灑掃淨處，置高座上。」
上述經文開示「供養法門」的修行：以種種花、香、莊嚴具等，恭敬尊重供養佛像和經典，以伎樂讚嘆，聞法、受持、讀誦尊經，為他人演說開示，自書寫亦教人書寫，以及供養護持說法法師等，這是與《華嚴經》中「普賢十願」，以及《勝天王般若波羅蜜經》、《辯中邊論》中的「十法行」（書寫，供養，流傳，諦聽，自讀，憶持，廣說，口誦，思惟，修行）相呼應，是突顯「尊師重道」的宗旨，以恭敬供養三寶為先，繼而開展佛法的修習與弘揚，都是以「弘法利生，自度度人」為目標。
在《藥師經》裏有十二藥叉大將，向佛宣說守護皈依三寶和修持藥師法門的人：「⋯⋯此或有疾厄求度脫者，亦應讀誦此經，以五色縷，結我名字，得如願已，然後 解結。」經文中提及的「五色縷」，是「白赤黃綠黑」五種顏色的麻線，念佛持經咒發願時作結，用以莊嚴和表法的工具以助憶念，其內容可參考《大日經義釋》：「⋯⋯五色綖（線）者即是如來五智，亦是『信進念定慧』五法，以此五法貫攝一切教門。」 「如來五智」即是：法界體性智，大圓鏡智，平等性智，妙觀察智，成所作智。「信進念定慧」是三十七道品中之五根和五力。由此可知，用五色縷作結修法，即是修行佛法，轉凡識成聖智，化苦惱為安樂的修道意志。
藥師法門，是著重現世令眾生離苦得樂菩提願和行，是世間及出世間的善法，主要是依藥師佛十二大願的內容和精神，應用到日常生活中去；無論是念佛，恭敬供養三寶和持咒等之修學，皆需與佛菩薩的智慧慈悲心行相應，持之以恆，就能夠體現其不可思議的效果和功德。
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